Για τη συμμετοχή τους στο Π.Μ.Σ. οι μεταπτυχιακοί φοιτητές/τριες καταβάλλουν τέλη φοίτησης 2350€ για το σύνολο της παρακολούθησης του Π.Μ.Σ., τα οποία θα καταβάλλονται τμηματικά ως εξής: Η πρώτη δόση (800 ευρώ) καταβάλλεται με την κατάθεση των δικαιολογητικών εγγραφής, η δεύτερη (800 ευρώ) στην αρχή του δεύτερου εξαμήνου και η τρίτη (750 ευρώ) καταβάλλεται στην αρχή του τρίτου εξαμήνου.
Τα τέλη φοίτησης κατατίθενται σε τραπεζικό λογαριασμό του ΕΛΚΕ του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας και προσκομίζεται η σχετική απόδειξη στη Γραμματεία του Π.Μ.Σ. Στην περίπτωση διακοπής της φοίτησης στο Π.Μ.Σ. δεν επιστρέφεται το μέρος των τελών φοίτησης που έχει καταβληθεί.
Απαλλάσσονται από τα τέλη φοίτησης οι εγγεγραμμένοι φοιτητές/τριες του Προγράμματος Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) που πληρούν τα οικονομικά ή κοινωνικά κριτήρια και τις προϋποθέσεις αριστείας κατά τον πρώτο κύκλο σπουδών, σύμφωνα με την ισχύουσα νομοθεσία.
Η δυνατότητα απαλλαγής από την υποχρέωση καταβολής τελών φοίτησης παρέχεται αποκλειστικά για τη φοίτηση σε ένα (1) Π.Μ.Σ. που οργανώνεται από Α.Ε.Ι. της ημεδαπής.
Ο συνολικός αριθμός των φοιτητών που φοιτούν δωρεάν δεν δύναται να υπερβαίνει τον αριθμό που αντιστοιχεί στο τριάντα τοις εκατό (30%) του συνόλου των εγγεγραμμένων φοιτητών ανά ακαδημαϊκό έτος.
Η υποβολή των αιτήσεων για απαλλαγή από τα τέλη φοίτησης πραγματοποιείται μετά την ολοκλήρωση της διαδικασίας εισδοχής των φοιτητών/τριών στο Π.Μ.Σ και σε χρονικό διάστημα που θα ορίσει το ίδιο το Π.Μ.Σ..